El primer monumento en este lugar parece haber sido una construcción romana, posiblemente un templo a Atis, dios de la vegetación romano y marido de Cibeles, cuya adoración, al parecer, fue la causa de la persecución cristiana en 177 d.C. En el siglo V, el obispo de Lyon, Eucerio de Lyon, construyó la primera iglesia sobre los restos de la antigua construcción romana, para albergar allí los distintos restos de los mártires, torturados en la persecución del 177. La iglesia se llamó entonces «Iglesia de los Santos Apóstoles y de 48 mártires«, según el Martirologio de San Adón de Viena.

A partir del Siglo VI, los obispos comenzaron a enterrarse en la Iglesia. Especialmente famosa fue la tumba de Niceto de Lyon, el obispo nº 28, que atrajo grandes muchedumbres y los milagros que realizó hicieron muy famosa a la Iglesia.

Como puede verse en el dintel de la puerta pone: «In templo, eius omnium dicent gloriam. Psalm XXVIII«.

A principios del Siglo VIII, la iglesia fue devastada por los sarracenos y por Carlos Martel. Después fue reconstruida en el siglo IX, por orden del obispo Leidrade durante el reinado de Carlomagno. En el siglo XII, los discípulos de Pedro Waldo, un lego que predicaba contra los dogmas católicos (como el purgatorio o la transubstanciación), escandalizados por la riqueza de la iglesia, la prendieron fuego, destruyendo numerosas reliquias.

Desde el siglo XIV hasta el XVI se reconstruye la iglesia en estilo gótico flamígero. El barrio donde se encuentra estaba habitado por la burguesía de la ciudad, que quiso, como consecuencia de la mejora de las circunstancias comerciales, aumentarla y ennoblecerla, aunque ello trajo enfrentamientos con la catedral de San Juan, que ya era entonces la primada de la ciudad. La construcción se interrumpió debido a la Peste del Siglo XIV y a la Guerra de los Cien Años, debido a la disminución de la renta de la ciudad, por lo que hubo que buscar otras fuentes de financiación (concesiones a las hermandades, por ejemplo).

El libro medieval de registro de cuentas de la iglesia muestra, no sólo ni principamente cuestiones religiosas (aunque contiene las muertes acaecidas en la parroquia en dichos años), sino tanto la llevanza de las cuentas como el inventario de los bienes de la iglesia, entre los que se contaba con una colección de telas preciosas para las ceremonias que cada canónigo aportaba a la iglesia para hacer las nuevas vestimentas que debían llevar según el carácter de aquéllas. También se recoge la venta de telas mortuorias, que fue un negocio floreciente durante décadas, así como la de la cera para velas.

Se calcula que durante la Edad Media la parroquia tenía entre 3 y 4 mil parroquianos y que la Peste Negra se llevó entre un 25 y un 30% de ellos.

En el siglo XVI, los notables de la ciudad se reunían en esta iglesia y en el XVII los concejales eran elegidos en su nave central. Los problemas, durante este período, persisten entre la Iglesia de San Nazario, como se ve elegida como la suya por la burguesía laica, y la Catedral de San Juan, elegida por la nobleza y el alto clero.

La iglesia resultó gravemente dañada por los Hugonotes iconoclastas del barón de Adrets (primero fue hugonote y luego católico) en 1562, quienes además desenterraron a distintos obispos de Lyon y destruyeron varias estatuas. La pérdida fue irreparable porque sólo ha quedado una pequeña parte de las obras de arte que poseía la iglesia en ese momento.

También sufrió daños importantes durante la Revolución Francesa: el bombardeo destroza el edificio, especialmente las torres y las bóvedas. Las hordas anticlericales saquearon la iglesia (no fue la única). Durante la Revolución Francesa, sirvió como almacén de harina. A finales del Siglo XVIII, se impidió que fuera transformada en galería comercial gracias a una petición firmada por 100 notables. Pero no sólo San Nazario sufrió: al término de la Revolución, el estado de la Catedral de San Juan era tan malo (bóvedas destruidas, esculturas robadas, filtraciones de agua en prácticamente todo el edificio, etc.) que se utiliza San Nazario por algunos curas constitucionales (los que juraban la constitución derivada de la Revolución) mientras se restauraba la catedral.

Sin embargo, su estado hizo que se entendiera pronto que era necesario recuperarla, lo que se consiguió gracias a las donaciones privadas realizadas como consecuencia del nuevo fervor religioso, derivado del fin de la Revolución. El culto se reestableció en la iglesia el 6 de junio de 1802, día de Pentecostés.

La iglesia formó parte del primer censo de Monumentos históricos de la ciudad (1840).

El órgano fue realizado por el taller de Joseph Merklin, alemán nacionalizado francés después del conflicto de 1870. Construyó el órgano, que aplicó por primera vez la electricidad al instrumento permitiendo distanciar el teclado de los tubos, en 1885. El instrumento, de 45 juegos, tres teclados y un pedal, supuso un avance notable en la construcción de órganos porque se podía tocar desde los mismos teclados, que se situaban tras el altar, tanto el órgano del coro (el principal) como el de la tribuna.

Sin embargo, las requisas del Tercer Reich lo volvieron inservible y aún hoy el gran órgano eléctrico espera ser restaurado.

Texto tomado de aquí (en francés).