La iglesia, hoy con el título de Basílica por la Bula «Extat Granate»,de 1916, dada por Benedicto XV, fue comenzada en 1737 y finalizada en 1759, a iniciativa del prior Alonso de Jesús y Ortega y costeada con el dinero procedente de la caja central de la Orden Hospitalaria para dar acogida a los restos de su fundador.

La Portada, flanqueada por dos altas torres, está concebida a manera de retablo: dos cuerpos y tres calles, separadas por columnas de órdenes corintio – cuerpo inferior- y compuesto -cupero superior, sobre altos pedestales. En las calles laterales del cuerpo interior se abren dos puertas y sobre ellas las imágenes de San Gabriel y San Rafael; en la central, más ancha, se encuentra la puerta principal; en la calle central del segundo cuerpo una gran hornacina acoge la imagen de San Juan de Dios, apareciendo en los laterales relieves alusivos a San Ildefonso y Santa Bárbara. Se remata la podada con frontón curvo partido, en cuyo centro aparece un medallón con un relieve de Dios Padre y sobre él una granada y una cruz, símbolo de la Orden.

Las Torres, de dos cuerpos, más el de campanas, se rematan con capitel recubierto de pizarra.