El edificio más emblemático de la Universidad es el conocido como Escuelas Mayores, que se comenzó a construir en 1411. La fachada, su elemento más conocido, está dividida en tres cuerpos. El primero contiene el medallón de los Reyes Católicos que empuñan el mismo cetro, y sobre sus cabezas el yugo de Fernando y las flechas de Isabel. El segundo cuerpo contiene en el centro el escudo de Carlos V, rematado con un globo y una cruz sobre una espectacular corona; a la derecha el águila de San Juan y de los Reyes Católicos, a la izquierda el águila bicéfala del Imperio. En el tercer cuerpo hay una capillita que se dice está dedicada al Papa Benedicto XIII exhortando a los clérigos (no es muy probable, y muy poco correcto, que en el siglo XVI todavía se glorificara al cismático papa Luna; lo más seguro es que se trate de Martín V, que confirmó las mercedes que, a la Universidad, había concedido el antipapa Luna). Su construcción fue realizada entre circa 1512 y 1533 y su autor —o al menos el principal—, según un estudio publicado por la profesora Alicia M. Canto en 2014, fue Juan de Talavera. Habría sido financiada por la reina Juana I de Castilla, que aparecería representada en el segundo cuerpo, afrontada a su hijo Carlos I de España.
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