Felipe II utilizó este Real Sitio como panteón familiar. Las obras de su construcción comenzaron en el año 1563, a cargo de Juan de Toledo. Muerto éste, prosiguió con sus trabajos Juan de Herrera, finalizando su construcción en el año 1584. El edificio está realizado en piedra granítica y dividido en tres zonas verticales, siendo la central el Patio de los Reyes. En sus ángulos hay cuatro torres, de 55 metros, rematadas por bolas de metal. Entre las dependencias del edificio se cuentan los Ministerios, la Casa de los Oficios, la Compaña, Infantes y Reina, que se unen mediante arcos. La iglesia es de planta de cruz griega y, en su capilla mayor, están los monumentos funerarios de Carlos V y Felipe II. Hay que mencionar, también, la biblioteca, en el segundo piso de la fachada oeste, en la que hay cerca de 45.000 impresos de los siglos XV y XVI. En el año 1971 fue declarado Conjunto Histórico-Artístico y, en el año 1984, Patrimonio de la Humanidad. La arquitectura de este edificio, concebido por Juan de Herrera, dio lugar a la arquitectura denominada herreriana. Construcción de grandes dimensiones como lo demuestra sus 15 claustros, 13 oratorios, 86 escaleras, 88 fuentes, más de 1.600 pinturas, 9 torres y 73 esculturas.